В 1986-1990 гг. работал в Институте «Союзгипроводхоз» инженером, старшим инженером. С 1990 по 2014 гг. - в Московском государственном университете природообустройства (до 1994 г. МГМИ), где пройден путь от ассистента кафедры до ректора университета. В 2014- 2017 гг. - в РГАУ-МСХА им. К.А.Тимирязева проректором, профессором кафедры КИВР и гидравлики. В 2013-2021 гг.– ФБУ НТЦ «Энергобезопасность» главным научным сотрудником (совм.). С 2017 г. работает на кафедре гидравлики и гидротехнического строительства НИУ МГСУ. В 1992 г. защитил кандидатскую, а в 2002 г. докторскую диссертацию на тему «Развитие теории и методов гидравлических, ледотехнических и гидротермических расчетов водоемов и водотоков с ледяным покровом».

Автор более 330 научных и учебно-методических работ, 5 монографий, в т.ч. «Опасные ледовые явления на реках и водохранилищах России», «Волновые процессы в водоемах и водотоках с ледяным покровом», «Вода или нефть? Создание Единой ВХС», соавтор Пособия к СНИП 2.05.03.-84 Мосты и трубы. Автор 5 учебников и 25 учебных пособий, в т.ч. «Природообустройство», «Водохозяйственные системы и водопользование», «Проектирование основных сооружений деривационных гидроэлектростанций».

Под руководством Козлова Д.В. защищено 14 кандидатских и 1 докторская диссертация по гидротехническому строительству, гидравлике и инженерной гидрологии. Учебное пособие, дипломные проекты и магистерские диссертации, выполненные под его руководством, становились в 2020-23 гг. победителями и дипломантами Всероссийского конкурса Ассоциации «Гидроэнергетика России».

Член диссертационных советов по специальности 2.1.6 при НИУ МГСУ и ВНИИ гидротехники имени Б.Е. Веденеева. Председатель экспертного совета по строительству и архитектуре ВАК при Минобрнауки РФ. Член Подкомитета ПК12 ТК465 «Строительство» Росстандарта, Научно-технического совета (НТС) ПАО «РусГидро», НТС и Общественного советов Росводресурсов и Минприроды РФ.

В настоящее время заведует кафедрой гидравлики и гидротехнического строительства НИУ МГСУ. Член НС РААСН «Инженерные системы водопользования».