В 1986-1990 гг. работал в Институте «Союзгипроводхоз» инженером, старшим инженером. С 1990 по 2014 гг. - в Московском государственном университете природообустройства (до 1994 г. - Московский гидромелиоративный институт), где пройден путь от ассистента кафедры до ректора университета. В 2014- 2017 гг. - в РГАУ-МСХА им. К.А.Тимирязева проректором, профессором кафедры КИВР и гидравлики. В 2013-2021 гг.– ФБУ НТЦ «Энергобезопасность» главным научным сотрудником. С 2017 г. работает в Национальном исследовательском Московском государственном строительном университете (НИУ МГСУ).

Автор более 350 научных и учебно-методических работ, 7 монографий, в т.ч.  «Опасные ледовые явления на реках и водохранилищах России», «Вода или нефть? Создание Единой ВХС», соавтор Пособия к СНИП 2.05.03.-84 Мосты и трубы. Автор 5 учебников и 29 учебных пособий, в т.ч. «Природообустройство», «Водохозяйственные системы и водопользование», «Проектирование основных сооружений деривационных ГЭС», «Гидротехнические сооружения мелиоративно-водохозяйственного комплекса», «Гидрофизика водных объектов».

Под руководством Козлова Д.В. защищено 15 кандидатских и 1 докторская диссертация по гидротехническому строительству, гидравлике и инженерной гидрологии. Учебное пособие, дипломные проекты и магистерские диссертации, выполненные под его руководством, становились в 2020-25 гг. победителями и дипломантами Всероссийских конкурсов Ассоциации «Гидроэнергетика России», Всероссийского инженерного конкурса и конкурсов ПАО «РусГидро».

Член диссертационных советов по специальности 2.1.6 при НИУ МГСУ и ВНИИ гидротехники имени Б.Е. Веденеева. Председатель экспертного совета по строительству и архитектуре ВАК при Минобрнауки РФ. Член Подкомитета ПК12 ТК465 «Строительство» Росстандарта, Научно-технического совета (НТС) ПАО «РусГидро», НТС и Общественного советов Росводресурсов и Минприроды РФ.

В настоящее время работает руководителем Передовой инженерно-строительной школой и заведующим кафедрой гидравлики и гидротехнического строительства НИУ МГСУ. Член НС РААСН «Инженерные системы водопользования», «Энергетическое строительство».